Le funzioni degli antigeni di istocompatibilità sono multiple e complesse.
È opportuno insistere sulle loro due funzioni principali che rappresentano l’induzione del rigetto degli allotrapianti e la presentazione degli antigeni alle cellule T, la cui attivazione necessita del riconoscimento simultaneo sulla superficie di cellule viventi di questi antigeni e degli antigeni di istocompatibilità (classe I per la popolazione CD8+, classe II per la popolazione CD4+).
Si suppone che le altre funzioni degli antigeni di istocompatibilità derivano
in qualche modo da queste due funzioni principali.